纳豆菌，别称纳豆芽孢杆菌（Bacillusnatto），属枯草芽孢杆菌纳豆菌亚种（为革兰阳性菌，好氧，有芽孢，极易成链。
纳豆菌产自纳豆，纳豆是日本人把煮熟的大豆用稻草包起来、在40℃的温度下发酵而成的一种食品。
纳豆发酵过程中，会由纳豆菌产生的一种丝氨酸蛋白酶，名为纳豆激酶(nattokinase简称NK)，它是一种枯草杆菌蛋白激酶，纳豆中的纳豆激酶是直接分解血栓的纤维蛋白酶。具有强大的溶栓作用，比尿激酶的能力还要强，每克湿纳豆溶栓效果相当于尿激酶1600FU，在胃肠中不失活。纳豆激酶对血栓的作用时间长，与尿激酶3分钟～5分钟作用时间相比，纳豆激酶作用长达8小时，而且安全、无副作用。常吃纳豆还会将毛细血管中的血栓溶解掉，有效改善微循环障碍。
纳豆激酶的发现
1980年的一天,从事溶解血栓药物研究工作的日本心脑血管专家须见洋行博士，他突然想起纳豆不是纤维蛋白发酵的吗？而血栓最顽固的部分就是纤维蛋白，于是，下午两点半时，须见洋行博士把纳豆中提取的物质加入到人工血栓中。
原本准备第二天看结果的，但5点半的时候，一次偶然的察看，奇迹发生了，血栓居然溶解了2厘米，而平常用尿激酶做溶血栓的实验溶解2厘米需要近两天的时间，也就是说纳豆发酵物溶解血栓的速度是尿激酶的19倍之多。于是，就将纳豆的这种强力溶栓物命名为纳豆激酶Nattokinase，简称NK，这就是震惊世界的溶血栓药物研究史上有名的“下午两点半”实验。
日本最权威的健康食品认证机构认为纳豆激酶的活性单位是“FU”，一定要超过2000FU才是有效的。凡是标注“IU”或是“U”的，都不认为是纳豆激酶产品，而认为是酵素类的产品。
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